ФГБНУ «МГНЦ» провело второй цикл занятий по повышению квалификации для сотрудников региональных лабораторий (обучение методике NGS). RUSSCO выступило организатором и спонсором этого проекта
20.12.2023
По инициативе и при финансовой поддержке Российского общества клинической онкологии (RUSSCO) в Москве с 27 ноября по 1 декабря был проведен второй практический цикл занятий по повышению квалификации для сотрудников региональных молекулярно-генетических лабораторий. Лаборатории выбирались с перспективой проведения молекулярно-генетических исследований методом NGS при различных нозологиях. Программа обучения по теме «Методы работы с мультигенными панелями в практической онкогенетике» готовилась совместно RUSSCO и ФГБНУ «МГНЦ».
Цикл состоял из двух этапов.
Онлайн – теоретическая часть, которая длилась 5 дней, когда обучающиеся могли без отрыва от работы прослушать теоретический курс по теории выполнения тестирований методом NGS. По окончанию теоретической части состоялась итоговая аттестация.
В теоретической части были разобраны следующие темы:
- Возможен ли полный переход тестирования в онкологии на метод NGS
- Опыт NGS-диагностики в программах RUSSCO
- Разбор основных этапов подготовки библиотек для NGS-диагностики рака легкого и выявления мутаций в генах BRCA и так далее
В целях обеспечения практического обучения, которое проходило в лаборатории МГНЦ ежедневно с 09:00 до 18:00, иногородним специалистам (Колесниковой Елене Александровне – ГБУЗ НО «НОКОД» из Нижнего Новгорода и Бредихину Демиду Александровичу – ФИЦ ФТ г. Новосибирск) были организованы приезд и проживание в Москве. Это был шестидневный практический курс с последующим экзаменом.
В практической части были пройдены все этапы тестирования методом NGS:
- Выделение ДНК
- Получение библиотек для NGS
- Запуск секвенирования мультигенных панелей
- Снятие результатов секвенирования мультигенных панелей
- Обсуждение полученных результатов
В ходе стажировки обучающиеся освоили выделение ДНК и РНК из парафиновых блоков с образцами опухолевой ткани, постановку всех этапов приготовления библиотек и оценку их концентрации, пулирование, запуск секвенирования на MiSeq (Illumina). Особое внимание было уделено «узким местам» в процессе работы – оценке пригодности FFPE-блоков для NGS-анализа, возможным типичным ошибкам в практической работе, метрикам качества при секвенировании соматических мутаций и возможности анализировать полученные данные секвенирования, особенностям программного обеспечения производителей генных панелей для аннотации генетических вариантов.
Практическое обучение позволило генетикам из региональных лабораторий овладеть всеми этапами определения соматических мутаций – от парафиновых блоков и стекол с материалом опухоли до определения терапевтической значимости выявленных с помощью NGS соматических генетических вариантов мутаций. Причем некоторые опухоли содержали мутации, на примере которых в режиме реального времени обучающиеся освоили алгоритмы интерпретации данных «проблемных» образцов, увидели ограничения панелей различных производителей, научились оперировать современными международными консенсусами и критериями патогенности (онкогенности) в практической онкогенетике.
В основном, программа обучения была рассчитана на определение соматических мутаций в образцах рака легкого с помощью двух часто используемых панелей отечественных производителей – OncoScope NSCLC от Parseq Lab и Соло-Тест от Онкодиагностика Атлас.
В итоге Е.А. Колесникова и Д.А. Бредихин успешно сдали экзаменационные работы и получили сертификат о повышении квалификации.
RUSSCO планирует продлить данный проект на 2024 год.
Благодарим Дмитрия Сергеевича Михайленко за подготовку этого цикла повышения квалификации и плодотворное сотрудничество в подготовке квалифицированных специалистов-генетиков.
Специалист по программе молекулярно генетической диагностике
Соколова Наталья Сергеевна